Le cursus universitaire s'organise autour de trois diplômes : la licence, le master et le doctorat. Cette organisation est appelée LMD.

Tenant compte des recommandations relatives à l'enseignement supérieur des grandes commissions et conférences, entre autres la Commission internationale sur l'éducation pour le XXIe siècle, l'Université de Lomé a révisé ses programmes en réponse à une vision internationale de l'enseignement supérieur telle que recommandée par le Ministère de l'Enseignement supérieur.

Le LMD permet, dans le cadre de l'harmonisation des cursus d'enseignement supérieur européens, d'accroître la mobilité des étudiants, et de créer des ponts entre disciplines, formations professionnelles et générales.